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freeeで青色申告する方法【個人事業主・フリーランスの確定申告完全手順】

この記事の要点

freeeを使った青色申告の手順を解説。開業届の提出から帳簿入力・申告書作成・電子申告まで、個人事業主・フリーランスが最大65万円控除を受ける方法を説明します。

freeeで青色申告をすれば、個人事業主・フリーランスでも最大65万円の特別控除が受けられます。ただ、「何から始めればいいかわからない」という声は多い。開業届の提出から電子申告まで、順番に整理しておきます。

⏩ 急いでいる方はこちら

  • 青色申告承認申請書の提出期限
  • freeeの帳簿入力の基本3ステップ
  • 電子申告(e-Tax)の手順
  • よくある質問

01

青色申告とは何か、白色申告との違い

確定申告には「白色申告」と「青色申告」の2種類があります。白色申告は帳簿づけがシンプルな分、控除がない。青色申告は複式簿記で帳簿をつける手間はあるものの、最大65万円の「青色申告特別控除」が受けられます。

年収500万円のフリーランスであれば、この控除があるだけで所得税・住民税を合わせて数万円単位の差が出ることもある。毎年コツコツ帳簿をつけるのは面倒に感じますが、freeeを使えばその負担はかなり減らせます。

65万円控除を受けるための条件は2点。

  • 正規の複式簿記(貸借対照表・損益計算書を作成)で記帳していること
  • e-Taxで電子申告すること(または優良な電子帳簿保存を行うこと)

紙での提出に切り替えると控除額は55万円に下がります。電子申告のほうが控除も大きく、手続きも早い。


02

まず「青色申告承認申請書」の提出が必要

freeeのアカウントを作る前に、税務署への申請が必要です。

開業後に青色申告を行うには、税務署へ「所得税の青色申告承認申請書」を提出しなければなりません。この申請を忘れると、その年はどれだけ帳簿をつけても白色申告しかできなくなります。

提出期限は「事業開始から2か月以内、または申告したい年の3月15日まで」のどちらか早いほう。

たとえば2026年1月に開業した場合、2026年分の確定申告を青色で行いたければ、2026年3月15日までに申請書を税務署に提出する必要があります。

申請書はfreeeの管理画面からも印刷できますし、国税庁の公式サイトからPDFをダウンロードすることもできます。提出方法は窓口持参・郵送・e-Tax送信のいずれかです。


03

freeeの初期設定(アカウント作成〜事業設定)

申請書の提出が済んだら、freeeの設定に入ります。

freeeにアカウントを作ると、最初に「事業設定」の画面が表示されます。ここで入力する内容が後の帳簿と申告書に影響するので、正確に埋めておくことが大切です。

設定で確認しておく主な項目は以下のとおりです。

  • 事業開始年月
  • 業種(フリーランスのエンジニアか、デザイナーか、ライターか等)
  • 消費税の課税方式(2026年時点で課税事業者かどうか)
  • 銀行口座・クレジットカードの連携

口座やカードを連携すると、明細が自動取得されてfreee側で取引候補を自動分類してくれます。全部手入力するより格段に早い。月に1〜2回、分類が正しいかを確認するだけで帳簿が完成に近づいていきます。


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帳簿入力の基本3ステップ

日々の記帳はfreeeの「取引入力」または「自動同期」で行います。大きく分けると3つの流れです。

ステップ1:口座・カードを連携して明細を取り込む

銀行口座(ネット銀行が多い)やクレジットカードを登録しておくと、明細データが定期的にfreeeへ流れてきます。取引が溜まったら「未確認の取引」から確認作業をします。

freeeが「おそらくこれは〇〇費です」と候補を出してくれるので、合っていれば確定ボタンを押すだけ。よく使う取引はルールを登録しておけば次回から自動分類されます。

ステップ2:現金取引は手入力

現金で払った経費や、口座に紐づかない売上は手動で入力します。領収書を受け取ったその日、または週1回まとめて入力する習慣をつけておくと後で慌てなくて済みます。

freeeのスマホアプリからレシートを撮影すると、金額を自動読み取りしてくれる機能もあります。完璧な精度ではないものの、入力の手間は確実に減ります。

ステップ3:請求書・売上管理

フリーランスは売上の管理も重要です。freeeの「請求書」機能を使えば、発行した請求書が自動的に売上として記録されます。入金確認も連携口座から自動マッチングできるため、売掛金の管理がラクになります。


05

決算整理と申告書の作成

年末になったら、帳簿を締めて申告書を作ります。

freeeでは「決算・申告」メニューから必要な手順が順番に表示されます。未確認の取引がないか、按分が必要な経費(家賃・通信費など)を正しく処理しているかを確認していきます。

在宅で仕事をしている場合、自宅の家賃・光熱費の一部を「按分」として経費にできます。仕事専用スペースの面積比率や作業時間の比率で計算するのが一般的ですが、根拠となる計算方法を記録しておくことが大切です。

申告書のチェックが終わると、freeeが「貸借対照表」「損益計算書」「申告書(確定申告書B)」を自動的に生成します。数字を見て大きくズレていないか確認しましょう。


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電子申告(e-Tax)の手順

freeeはe-Taxとの連携機能を持っています。申告書ができたらそのまま電子申告まで完結できます。

e-Taxで申告するには、以下のいずれかが必要です。

  • マイナンバーカード+対応カードリーダー
  • ID・パスワード方式(税務署で発行してもらう)

マイナンバーカードがある場合は、スマホのNFC機能を使えばカードリーダーなしで申告できます(freee公式アプリ経由)。

電子申告が完了すると、受付番号が発行されます。これが「申告した証拠」になるので大切に控えておきましょう。紙で提出する場合のような印鑑・郵送の手間がないぶん、締め切り間際でも動けます。


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freee vs マネーフォワードクラウド vs やよいの青色申告 比較

青色申告に使えるクラウド会計ソフトはfreeeだけではありません。主要3サービスの違いをまとめます。

項目freeeマネーフォワードクラウドやよいの青色申告
月額料金(スターター)1,480円/月〜1,280円/月〜無料プランあり(機能制限)
e-Tax連携対応(全プラン)対応(上位プランのみ)対応(あんしん保守サポートで)
銀行・カード連携自動同期自動同期手動インポート中心
スマホアプリ充実(レシート撮影対応)充実あり(機能は限定)
操作の難易度低め(ガイド豊富)中程度中程度
サポートチャット・電話(プランによる)チャット・電話(プランによる)電話・メール(有料サポートあり)
向いている人簿記知識が少ない・初めての青色申告複数事業・会社員の副業も管理したいインストール型に慣れている・安定重視

※料金は2026年5月時点の公式サイト掲載額。変更になる場合があります。

freeeは「簿記がわからなくても使える」ことを強みにしており、初めて青色申告に挑戦する個人事業主に選ばれやすいサービスです。マネーフォワードは家計簿アプリからの移行ユーザーに強い。やよいは長年使ってきたユーザーのリピート率が高い傾向があります。


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よくある質問

Q. freeeの無料トライアルで確定申告まで完結できますか?

A. freeeには無料期間(30日間)があります。ただし、申告書の作成やe-Tax連携は有料プラン(スタータープラン以上)が必要です。1年分の帳簿入力を無料期間中に行い、申告直前にプランをアップグレードする使い方は可能ですが、サポートが受けられないため初めての方はトライアル中に有料プランへの切り替えを検討するとよいでしょう。

Q. 開業届を出していなくても青色申告できますか?

A. 青色申告承認申請書の提出が必要で、開業届を先に提出しておくのが一般的な流れです。開業届と青色申告承認申請書は同時に税務署へ提出することもできます。開業届なしで青色申告を承認申請することは制度上できません(国税庁:https://www.nta.go.jp/ で確認できます)。

Q. 青色申告特別控除は65万円と55万円のどちらになりますか?

A. e-Taxで電子申告するか、優良な電子帳簿保存法の要件を満たした保存をしている場合は65万円控除。紙で申告する場合は55万円控除になります。差額の10万円は税率によっては数千〜1万円以上の税額差になるため、電子申告が断然おすすめです。

Q. 途中からfreeeに乗り換えた場合、年の途中の帳簿はどうなりますか?

A. freeeに期中から移行する場合、移行前の帳簿データを手入力またはCSVでインポートする必要があります。移行前の会計ソフトの仕訳データをCSV形式でエクスポートし、freeeの「仕訳帳インポート」機能で取り込む方法が一般的です。記帳が中断しないよう、移行タイミングは年初(1月)が最もスムーズです。

Q. 経費にできるものとできないものの判断が難しいのですが。

A. 基本的な考え方は「事業に直接関係のある支出かどうか」です。仕事用PC・ソフトウェア代・通信費・書籍代・交通費などは経費になりやすい。個人的な食事・娯楽・プライベートの旅行は経費にはなりません。迷うものは「なぜ事業に必要だったか」をメモしておくと、税務調査があったときに説明しやすくなります。判断が難しいケースは、税理士や最寄りの税務署の窓口相談(無料)を活用してください。


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✅ 今すぐできること(1分)

freeeの公式サイト(https://www.freee.co.jp/)を開いて、無料トライアルのページを確認してください。

登録は1分以内に完了します。まず30日間の無料期間中に「事業設定」と「口座連携」まで済ませておくと、帳簿入力がゼロから始めやすくなります。青色申告承認申請書の提出期限が近い方は、同サイトの「書類ダウンロード」から申請書を印刷して先に税務署へ届けることを優先しましょう。


10

まとめ

freeeで青色申告を進める流れを整理すると、次のようになります。

  1. 1青色申告承認申請書を税務署へ提出(開業から2か月以内または3月15日まで)
  2. 2freeeの初期設定(口座連携・事業情報の入力)
  3. 3日々の帳簿入力(自動同期+手入力で補完)
  4. 4決算整理・申告書の確認
  5. 5e-Taxで電子申告(65万円控除を受けるために必須)

とはいえ、最初の年はわからないことが出てきて当然です。freeeのヘルプページは情報量が多く、検索で大半の疑問は解決できます。それでも解消しない場合は、税理士への相談か、無料の税務署窓口相談を活用してみてください。


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著者:S

ITサポート職として勤務するかたわら、個人事業主・フリーランス向けの会計・税務・副業情報を発信。簿記・確定申告・クラウド会計ソフトの使い方を中心に、非エンジニアでも実践しやすい情報提供を目指しています。

主な支援領域:確定申告の準備サポート、クラウド会計ソフトの選定・初期設定アドバイス、フリーランス向け帳簿づけの習慣化

免責:本記事は一般的な情報提供を目的としており、税務・法律上のアドバイスを構成するものではありません。個別の税務判断については、税理士または税務署へご相談ください。税制や料金は変更される場合があります。最新情報は国税庁公式サイト(https://www.nta.go.jp/)またはfreee公式サイトでご確認ください。

【免責事項・情報確認日について】

本記事の情報は2026年5月27日時点のものです。転職・副業・投資(NISA等)に関する制度・サービス内容は変更される場合があります。掲載情報の正確性には努めていますが、最終的なご判断はご自身でご確認のうえ行ってください。本記事は特定のサービスへの加入や投資行動を推奨するものではありません。

S

この記事を書いた人

S(AI時代のキャリアノート 運営)

接客業から職業訓練校を経てIT業界へ。40社応募の転職活動を経験し、現在はITサポート職。未経験のIT転職・資格・AI活用を、同じ道を通った視点で書いています。

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